Die Gründung des Fliedner-Verein Butzbach e.V. erfolgte am 16. März 1949 zunächst als Verein für „Gefangenenfürsorge Butzbach“, der dann am 17. Juni 1949 in den heutigen Namen umbenannt wurde. Der Anlass für die Vereinsgründung waren die „sehr elenden Verhältnisse“, die damals in der Anstalt herrschten.
Gedanklich geht die Geschichte der Gefangenenfürsorge bis in die Zeit Friedrichs des Grossen zurück, der unter dem Einfluss der Aufklärung Leibesstrafen durch Freiheitsstrafen ersetzte, ohne dass ausreichender und vor allem geeigneter Haftraum zur Verfügung stand. Zu diesen beengten räumlichen Verhältnissen gesellte sich die damalige, auf Kant und Feuerbach zurückgehende liberale Auffassung, der Staat dürfe nicht in die sittliche Selbstentfaltung des Menschen eingreifen, sondern habe sich auf die Wahrung der äußeren Ordnung der Anstalt zu beschränken. Dieser Verwahrungsvollzug rief den am 21.01.1800 in Eppstein im Taunus geborenen späteren Pastor Theodor Fliedner auf den Plan. Nach ihm ist der Fliedner-Verein Butzbach e.V. benannt. Fliedner gründete unter dem Eindruck von Reisen in die Niederlande und nach England im Jahre 1833 die Rheinisch-westfälische Gefängnisgesellschaft, die heute als Mutter aller in der Folgezeit gegründeten Gefangenenfürsorgevereine gelten darf.
In der Zeit nach der NS-Terrorherrschaft, während derer Haftstrafen im Wesentlichen der Vernichtung und zur Vergeltung dienten, gründete sich am 16.3.1949 der Fliedner-Verein Butzbach e.V. als eingetragener Verein bei dem Amtsgericht Friedberg. Der Anlass hierfür war ein ähnlicher wie der zu Zeiten Fliedners: es gab in Butzbach mit 1.200 Gefangene doppelt so viele Insassen wie heute - bei fast gleichen räumlichen Verhältnissen. Der Fliedner-Verein Butzbach e.V. übernahm bereits 30 Jahre vor Inkrafttreten des StVollzG einfache Hilfen, die heute gesetzlicher Standard sind: Beschaffung von Briefpapier, von Büchern für die Anstaltsbücherei, auch in fremden Sprachen - Geräte für den Sportkreis und Musikinstrumente für das Anstaltsorchester wurden angeschafft. Es konnten Gruppen für Elementarfächer, für „Lebenskunde“ und für kaufmännisches Rechnen eingerichtet werden. Der Fliedner-Verein Butzbach e.V. richtete gemeinsam mit der Jugendhilfe ein Übergangsheim für heimatlose junge Männer ein und sorgte für Auftritte von Orchestern; sogar ein Auftritt von Ivan Rebroff findet sich in den Unterlagen.
Der erste Vorsitzende des Vereines, der Butzbacher Rechtsanwalt und Notar Rudolf Wolf, führte den Verein 29 Jahre lang von 1949 bis zu seinem Tode im Jahr 1978, danach übernahm den Vorsitz bis zu seinem Tod der Leiter der Anstalt Butzbach, Günter Johanns, der bereits zuvor stellvertretender Vorsitzender war und damit insgesamt 41 Jahre im Vorstand des Fliedner-Vereins wirkte. Der Vizepräsident des Landgerichtes Marburg a.D. Hans Goswin Stomps führte den Verein 18 Jahre lang bis zum Jahr 2007. Manfred Schwendemann und der vormalige Anstaltsleiter Klaus Winchenbach haben sich beide jeweils über 30 Jahre im Vorstand des Vereines für dessen Aufgaben engagiert. Seit 2008 leitet der Vizepräsident des Landgerichts Hanau, Dr. Mirko Schulte, derzeit gemeinsam mit den beiden Anstaltsleitern Uwe Röhrig und Frank Posingies und dem Geschäftsführer Ulrich Hinkel den Verein. Von 2010 bis heute ist die Zahl der Mitglieder von 120 auf über 250 angewachsen.